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一份文献“调”“研”攻略,写给初学者

通常,我们所说的文献调研分为三个部分,即文献检索、获取全文以及文献的阅读;这就涉及到两个关键的概念,即引文数据库、全文数据库:

1. 我们通常使用的WOS、pubmed等属于引文数据库,这些数据库中仅包含文献的标题、作者信息、出版物信息、摘要、参考文献以及关键词等,不包含文献的全文,这一类数据库常用于文献检索,即从引文数据库中找到我们感兴趣的文献;

2. 全文数据库指的是期刊的数据库,它通常是需要付费获取的,一些科研机构和图书馆会购买文献出版集团的全文数据库,以供自己的用户使用——对于一些开放获取的期刊,我们也可以在PMC数据库中找到想要的文献全文;

从数据库中检索感兴趣的文献并下载,属于文献的“调”,即从数据库中把文献调取到你的电脑上或者浏览器中。而文献的“研”,即是浏览或阅读文献相关信息的过程。

首先讲的是,文献的“调”。

WOS科学引文索引
这个数据库需要购买,从各大高校和研究所的图书馆可以进入:

界面是这个样子的:

图片中有一些关键的部位,比如

1. WOS的一些其他数据库,比如查看期刊影响因子的JCR;
2. 不同的引文数据库,通常我们选择Web of Science核心合集;
3. 三种检索方式,其中高级检索是较为重要的;
4. 基本检索的检索项,比如标题、作者、出版物等;
5. 检索的时间跨度,某些时候我们会需要限定近几年的最新研究;
6. 在引文数据库中选择Web of Science核心合集,然后使用基本检索,可以添加各种各样的检索词,比如下图:

我们输入地钱的拉丁文名Marchantia polymorpha作为标题检索项的内容,这是因为要避免在文章中提及它的一些文献干扰我们的检索结果,当然,为了检索到更全面的结果,你也可以将其设置为主题;

随后我们检索Transform有关的文献,是为了调研地钱转化相关的研究;

最后,因为Takayuki Kohchi是这个领域有名的科学家,所以我们检索他所做的研究,注意WOS对作者的姓名格式要求非常严格;

检索结果如下:

加入我们对关键词Transform进行一下改变:

可以看出Takayuki Kohchi对于地钱遗传学研究的贡献是较为突出的,我们可以针对这些文章的出版日期,被引用频次,相关性等进行排序,在论文信息方面,可以看到标题、作者、出版物以及右侧的被引频次信息;

可以计算出,Takayuki Kohchi在这个领域的研究共被引用了236次,即有236项研究是基于他的工作来进行的,由此可见他对这个领域的突出贡献。

这是基本检索,那么,当我们想检索Takayuki Kohchi所有发表在Cell、Plant Cell、Plant Cell and physiology上面的文章时,应该怎么办呢?

显然,我们无法通过Takayuki Kohchi AND Cell AND Plant Cell AND Plant Cell and physiology这样的检索式来检索,因为没有一篇文献是同时发表在Cell、Plant Cell、Plant Cell and physiology三个期刊上的。

此时,就需要用到高级检索了。

首先进入高级检索的界面:

请关注右侧红框中的内容,这基本上代表了高级检索的规则:

那么,如题,我们输入AU= Takayuki Kohchi,然后再输入AU=Kohchi T;

在页面的下方你会看到如下内容:

我们可以发现,WOS对于人名的格式要求,同时,还可以发现这位作者一共发表了112篇学术论文,当然——包含同名的情况,此时我们应该通过研究机构OG来进行限定。

再输入出版物信息:SO=(Cell OR Plant Cell OR Plant Cell and physiology),注意此时使用的是OR逻辑连词以及英文括号,这代表我们将检索所有发表在Cell 、 Plant Cell和Plant Cell and physiology 这三个期刊上的研究。

结果如下:

通过右边的组配检索式,我们可以获取题目要求的——Takayuki Kohchi所有发表在Cell、Plant Cell、Plant Cell and physiology上面的文章。

所以答案是8篇,点击数字8即可查看这8篇文献的具体内容。

同理,我们还可以检测合成生物学领域所有发表在Science、Nature和Cell等期刊上的文章,在实际应用中,我们通常会直接检索某个领域所有发表在一区期刊上的综述。

那么,一区期刊、综述分别是什么意思呢?

从期刊说起,学术期刊是科学家发表自己研究成果和综述性文章的杂志,一般来说,研究性文章是报道科学研究的文章,其正文内容主要包括前言introduction(介绍研究背景和内容)、结果result(研究的数据结果)、讨论Discussion与结论(讨论是对结果的分析、对本研究领域的见解以及提出问题,结论是概括性的总结结果,延伸自己以后要做的研究)以及材料与方法Materials and Methods,有时还有一些补充的材料。

综述文章则是对本领域研究进展的一个概括性总结,将许多研究汇集成知识体系,并指出下一步的研究问题,通常阅读综述是科研入门的最好方式。

对于英文期刊中的核心期刊SCI来说,有一个通行的评价方式,就是所有期刊对于本期刊文章的引用频率,基于这个引用频率延伸出了复杂的评价体系,而引用频率的高低就是影响因子,将所有期刊按照影响因子排序,可以将其分成四个区,其中一区就是最顶尖的期刊——中科院与汤姆森路透集团的分区有所不同,通常我们所说的分区指的是中科院分区,相对来说更有代表性(分区的具体方式请自行百度);

那么,为什么要对期刊进行分区呢?

由于研究领域的不同,一个研究领域的研究者越多,那么这个领域最顶级期刊的影响因子就会更高,为了平衡不同领域之间的差异,我们将期刊分成不用的学科,进而对各个学科的期刊进行分区,中科院JCR分区中的一区代表着金字塔顶尖的水平,而汤姆森路透集团的分区则是前四分之一的水平,相比之下中科院JCR分区中的一区期刊更具有代表性。

那么让我们来尝试一下,检索合成生物学领域所有的一区文章。

首先创建检索式:TS=Synthetic biology;

然后,根据中科院JCR分区,输入生物科学领域所有的一区期刊,创建检索式:

如图所示,用AND连词组培两个检索式:

得到了6411个结果,可是我们显然不能在短时间内读完6411篇文章以了解这个领域,因此我们需要对其进行筛选。

打开检索结果,可以发现在左下方可以精炼检索结果。

第一篇文献很有趣,这篇文章讲述了分层式动态调控手段在大肠杆菌代谢工程之中的应用,可见这篇文章是一篇很重要的研究大肠杆菌代谢工程的文章,如果你了解过我的其他专栏文章,那你一定知道青蒿素的生物合成曾经有一阶段是在大肠杆菌中进行的,可以说大肠杆菌是合成生物学的一个模式底盘。

这么重要的文章被引用了0次,是因为它是最近才发表的,准确的说是一周以前。

引用这篇文章的文献最快也要一个月以后才会出现在数据库里面,所以它再重磅再厉害,现在也是0引用的。

因此你会发现,即使文章很好,引用数也不一定高,因此,一定要找最近的研究,而不是拿一篇很老的综述和最新的刚发表的综述来比较引用数。

那么我们将检索结果精炼为综述。

WOS愚蠢的设计在于,它无法精炼发表于当前年份的文章,也就是说,在时间精炼的选项中我只能选择2017年的,因此我们将其按时间排序,依次阅读标题和摘要,找到你感兴趣的研究领域。

除此之外,还可以使用HistCite这款引文分析软件,在此不再赘述,有需要的话我会在另外的专栏文章里面为大家讲解。

Pubmed生物医学引文数据库
与WOS相似,不过Pubmed是纯粹的生物医学文章,只是PubMed的高级检索不如WOS好用,不过依赖于PMC全文数据库,PubMed的使用率还是很高的。

Pubmed的最有趣之处在于它是开源的,因此,你在WOS中无法实现的整个网页翻译的操作,可以在PubMed中实现——尽管我非常不提倡你这样做。

另外,用PubMed提供的文献PMID可以在微信公众号生物学霸中获取文献全文。

谷歌学术Google Scholar
谷歌学术目前在中国大陆只能使用镜像网址,不过由于谷歌本身是个搜索引擎的关系,谷歌学术也是能搜到最多相关文献的检索引擎,当然了,搜到的越多,就会有更多牛鬼蛇神英法日韩语言的文章出现,谁也无法保证它们的真实性。

另外,像百度一样会出现的检索结果重复的问题,谷歌学术也是存在的。

CNKI中国知网
中国知网的高级检索也是非常优秀的,相当于中文版的WOS,更重要的是,它可以获取博士学位论文,这些学位论文也是极好的阅读材料。

各大期刊出版商自己的数据库
不推荐在期刊的数据库里面检索,会非常的片面,但是在某些特定的时候,比如检索这个期刊某一领域的文章风格的时候,你可能会用到这种方式。

一些集合了引文数据库与全文数据库的文献检索引擎

推荐这个网站,你可以获取到全文,还可以按照影响因子排列,某些情况下,GeenMedical比WOS还要好用。网址:http://www.geenmedical.com/search

值得注意的是,还有很多这样的网站,在此就不多介绍了,有机会会给大家推荐。

Sci-hub:最大的学术盗版网站,以及Gen-lib:最大的电子书籍盗版网站
Sci-Hub和Gen-Lib一对难兄难弟,被研究者们所喜爱,被各大资本主义出版集团所打压,搞得Sci-hub不停地更换域名,好像最近http://sci-hub.tw还可以使用。

记住要用文献的DOI获取全文,界面是这样的:

你看的没错,SCI-HUB就是为了打破学术垄断而出现的,可谓是应运而生。它诞生于一名俄罗斯女孩之手,目前这名俄罗斯女孩正面临着数个出版商的起诉。

Gen-lib是电子书盗版网站,可以在这里检索一些专著的PDF,当然我知道你很大概率是不会看的,不过相信你有一天会用到这个网站。

 

注意红框中是下载的相关网页。

看到上方的单词了吗,GET IT!

以上是文献的“调”。

前面说了,下载到全文之后,就是文献的“研”,

通常,我会通过这么两种方式来阅读英文材料:

1. 谷歌浏览器应用商店里面的谷歌翻译插件,可以顺滑地取词翻译,十分方便,主要用于在线版的网页;
2. PDF在手机上搭配多看阅读+欧路词典,或者在电脑上搭配2345看图王+Golden dictionary或有道词典;
这些翻译插件的效果如下(如果达不到这种效果,那一定是你的打开方式不对):

谷歌词典取词插件需要自己在设置里面调成自动弹出;

多看阅读自带词典插件,但也可以配合欧路词典复制取词。

除了有道词典,给大家推荐的APP或者软件都是无广告的清凉版本,如果你下到的是有广告的,那你可能是从某些奇怪的应用宝上面下载的,去官网下载即可。

另外,卸载360等软件可以解决你电脑百分之五十的问题(另外百分之五十可以通过重启电脑来解决),如果不行,那么你一定用的是360浏览器,如果这样的话请不要问我如何下载谷歌浏览器,请卸载360用IE浏览器下载谷歌浏览器。

PDF阅读器有很多,2345看图王只是其中的一种,如果你有更好的无广告的PDF阅读器,可以向我推荐,万分感谢。

Golden dictionary是自行下载词典文件的,我用的是剑桥词典,诸位可以自己下载一些汉英词典之类的。

前面已经说了一篇研究型文章的主体结构,那么这次需要说明的是,“研”应该怎样去阅读文献,首先要清楚你是初次接触这个领域还是已经有些一些了解——初次接触某个领域,从综述看起,而且不要忽略文章的前言,相对应的,文章的结果部分你可能看不太懂,可以不深入阅读。

当你对这个领域有了一定的了解,那么此时文章的图表、结果对你而言就是更加重要的部分了,如果不是特别需要,你甚至都不需要去阅读文章的前言和材料方法部分。

尤其需要注意的是,很多文献的补充材料Supplementary data中也有着一些有趣的地方,这一点不可忽视。

Q:我读文献的时候总是连不成句子怎么办?

A:尽量不要用整句整段翻译,多尝试取词之后自行连成一个句子,等到你的英语水平提升了之后自然就可以读懂了。

Q:需要做文献笔记吗?应该怎么样进行文献笔记呢?

A:在精读文献的时候是需要进行文献笔记的,可以尝试使用PPT来进行文献笔记,也可以使用Xmind思维导图的形式,核心是帮你梳理出文献的脉络,等你对这个领域已经足够了解了,就不再需要做笔记即可掌握文献的研究思路。

Q:怎样进行文献拓展?有些内容不懂怎么办?

A:关注文章的参考文献,可以按照这个思路按图索骥;也可以针对文献中不懂得问题查阅百科或者询问前辈,有的时候你也可以针对遇到的问题再次进行文献检索——大部分的时候,只读一篇文献是形成不了优秀的文献汇报的。

Q:为什么鼓励大家进行文献汇报?

A:我们都知道讲给别人听是最好的学习方式,同时,你也可以在讲述的过程中练就你的学术表达水平,另外,在讲的过程中很容易发现自己的逻辑漏洞所在。

Q:看文献需要很高的英语水平吗?

A:大多数文章中使用的语法大概等于英语四级水平,尤其是老外写的文章大多通俗易懂,因此不必担心英语水平的问题,如果对语意的把握不够准确,可以先从综述文章以及前言开始读起;单纯读文献是一个很无聊的过程,但如果你把读的文章整理成思维导图,就不会很无聊了,也更容易记住——当然,并不是要你背文章。

如果有用,我还会继续更新一些细节~ 请评论来告诉我吧!

作者: 王文昭

植物合成生物学研究者 感兴趣的研究方向是合成生物学制药



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