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基因表达调控系列问题汇总(更新了DAVID部分)

前言

整理这个专题的缘由,是在朋友圈看到的求助信息。于是我想把我之前了解或者是做过的一些东西整理一下。

Q1: 哪个TF(转录因子)调控了我的基因集?

假设你有一个genelist:

Gene1

Gene2

Gene3

Gene4

这个genelist可以有很多来源,可以是RNASeq的差异基因,也可以是其他的,等等。你很好奇这个genelist是被哪些TF调控的,有三个个方法。

A1: cistrome-LISA

原文答案参考来源:https://mp.weixin.qq.com/s/DI8fxtKSuZ_LemxhFznSDg

LISA网址:http://lisa.cistrome.org/

image.png

听说LISA的时候,我还没毕业,以旁听生身份参加了一次亚洲冷泉港会议,一位来自同济的Ph.D. Student做poster展示。如今发表在GB上,以cistrome db为基础,进行的预测,可以说可信度较高。

这个方法原文答案已经很详细了,我就不当搬运工了。

A2: TF富集分析

LISA没出之前,用Y叔的clusterprofiler的enricher做的,TF的数据是从TRRUST(https://www.grnpedia.org/trrust/)下载的。懂点生信的人可以用这个方法。网上也有类似的教程。clusterprofiler的enricher应用广泛,可以但不局限于GO/KEGG(有专门的function),以及上面提到的TF。只要你有用于富集分析的背景数据。不懂编程请看A3。

A3: TRRUST的2.Find key regulators for query genes

TRRUST(https://www.grnpedia.org/trrust/

image.png

以上,仅作参考。

Q2: 我想看我的TF调控了哪些gene?

A:查看转录因子数据库

 这个举一个列子,Q1提到的TRRUST数据库,只支持human和mouse。Search界面输入TF name即可,Download提供所有TF的下载链接。

image.png

Q3: 有没有生物分子互作数据库?

A:接触过一个,BioGRID(The Biological General Repository for Interaction Datasets)

BioGRID网址:https://thebiogrid.org/

记录蛋白与基因的互作信息。可以通过By Identifier 和 By Publication。

image.png

Q4: 我有一个genelist,想知道它们的功能以及其他一些注释信息

A1: metascape

网址:http://metascape.org/

image.png

Express Analysis 和 Custom Analysis区别在于你的gene有没有表达谱数据,有的话可以做Express Analysis。没有就 Custom Analysis,选一下物种。然后跳转到如下界面:

image.png

选择Annotation后:

image.png

勾选想要的信息,点一下Apply

image.png

然后点击Analysis Report Page:

image.png

根据需要下载Excel表格或是ppt,或是zip压缩文件。

A2: DAVID

没能打开,先空着吧。不是很推荐这个。

成功打开了。网址:https://david.ncifcrf.gov/ 

image.png

我不得不吐槽这网址的风格真的是丑瞎眼睛啊。

看最左边的框框,可以看到网站支持的四个功能,Functional Annotation, Gene Functional Classification, Gene ID Conversion, Gene Name Batch Viewer。

总体来说,体验太差。

GO分析使用教程:

Step1: 进入Functional Annotation界面

Step2:在Upload处粘贴genelist,选择GeneID的类型,常见的有ENSEMBL_GENE_ID和ENTREZ_GENE_ID,再选择是Gene List, 然后Submit。

为什么存在Background选项?

答:Background 即背景基因集,就是你的Genelist需要比较的对象,一般默认是全基因组中的所有基因。也有的使用的是技术平台所能检测到的基因,或者是包含可能阳性结果的基因。

image.png

Step3: Submit后会跳转到List界面,我这里用Demolist1演示。这里我们可以看到Annotation Summary Results了。看到第三个Gene_Ontology了没,就是GO的结果了。

image.png

点一下,出现下面的结果,有点和常见的不太一样?看见那个Chart了吗?再点一下。

image.png

新弹出的窗口是不是就是你熟悉的了?

image.png

OK,到此结束。

Q5: 我有genename,怎么找promoter?

A:EPD数据库

网址:https://epd.epfl.ch/index.php

输入gene name

image.png

结果可跳转到UCSC genome 浏览器,getFASTA可以拿到fasta序列。UCSC genome 浏览器也可以用于查找特定位置的基因组序列。

UCSC genome browser: http://genome-asia.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway

image.png

Q6: 有没有细胞marker数据库?

A:有, cellmarker。

网址:http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/

支持human和mouse。

image.png

Q7:分子实验中需要的常用计算(如连接反应中插入片段与载体的摩尔比例)不懂怎么办?

A:NEB的BioCalculator。

image.png

Q8:有没有什么工具可以求两个genelist的overlap?

A:可以用Venny。

Venny:https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/

最多可以做四个list哦。

image.png

语雀文章链接:https://www.yuque.com/docs/share/7f3362b6-b7e1-49fd-8d56-07f34615084c?#

作者: 陈玫君

现任广州再生医学实验室研究实习员,苏州大学生物科学专业本科毕业,研究内容主要涉及分子生物学以及单细胞测序相关分析,曾实习于中科院上海植生所。



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