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基因表达调控系列问题汇总(更新了DAVID部分)

发布: 2020-04-02 6,425阅读 92评论

前言

整理这个专题的缘由，是在朋友圈看到的求助信息。于是我想把我之前了解或者是做过的一些东西整理一下。

Q1: 哪个TF（转录因子）调控了我的基因集？

假设你有一个genelist:

Gene1

Gene2

Gene3

Gene4

…

这个genelist可以有很多来源，可以是RNASeq的差异基因，也可以是其他的，等等。你很好奇这个genelist是被哪些TF调控的，有三个个方法。

A1: cistrome-LISA

原文答案参考来源：https://mp.weixin.qq.com/s/DI8fxtKSuZ_LemxhFznSDg

LISA网址：http://lisa.cistrome.org/

image.png

听说LISA的时候，我还没毕业，以旁听生身份参加了一次亚洲冷泉港会议，一位来自同济的Ph.D. Student做poster展示。如今发表在GB上，以cistrome db为基础，进行的预测，可以说可信度较高。

这个方法原文答案已经很详细了，我就不当搬运工了。

A2: TF富集分析

LISA没出之前，用Y叔的clusterprofiler的enricher做的，TF的数据是从TRRUST（https://www.grnpedia.org/trrust/）下载的。懂点生信的人可以用这个方法。网上也有类似的教程。clusterprofiler的enricher应用广泛，可以但不局限于GO/KEGG（有专门的function），以及上面提到的TF。只要你有用于富集分析的背景数据。不懂编程请看A3。

A3: TRRUST的2.Find key regulators for query genes

TRRUST（https://www.grnpedia.org/trrust/）

image.png

以上，仅作参考。

Q2: 我想看我的TF调控了哪些gene?

A：查看转录因子数据库

 这个举一个列子，Q1提到的TRRUST数据库，只支持human和mouse。Search界面输入TF name即可，Download提供所有TF的下载链接。

image.png

Q3: 有没有生物分子互作数据库？

A：接触过一个，BioGRID(The Biological General Repository for Interaction Datasets)

BioGRID网址：https://thebiogrid.org/

记录蛋白与基因的互作信息。可以通过By Identifier 和 By Publication。

image.png

Q4: 我有一个genelist，想知道它们的功能以及其他一些注释信息

A1: metascape

网址：http://metascape.org/

image.png

Express Analysis 和 Custom Analysis区别在于你的gene有没有表达谱数据，有的话可以做Express Analysis。没有就 Custom Analysis，选一下物种。然后跳转到如下界面：

image.png

选择Annotation后：

image.png

勾选想要的信息，点一下Apply

image.png

然后点击Analysis Report Page:

image.png

根据需要下载Excel表格或是ppt，或是zip压缩文件。

A2: DAVID

没能打开，先空着吧。不是很推荐这个。

成功打开了。网址：https://david.ncifcrf.gov/ 

image.png

我不得不吐槽这网址的风格真的是丑瞎眼睛啊。

看最左边的框框，可以看到网站支持的四个功能，Functional Annotation, Gene Functional Classification, Gene ID Conversion, Gene Name Batch Viewer。

总体来说，体验太差。

GO分析使用教程：

Step1: 进入Functional Annotation界面

Step2：在Upload处粘贴genelist，选择GeneID的类型，常见的有ENSEMBL_GENE_ID和ENTREZ_GENE_ID，再选择是Gene List, 然后Submit。

为什么存在Background选项？

答：Background 即背景基因集，就是你的Genelist需要比较的对象，一般默认是全基因组中的所有基因。也有的使用的是技术平台所能检测到的基因，或者是包含可能阳性结果的基因。

image.png

Step3: Submit后会跳转到List界面，我这里用Demolist1演示。这里我们可以看到Annotation Summary Results了。看到第三个Gene_Ontology了没，就是GO的结果了。

image.png

点一下，出现下面的结果，有点和常见的不太一样？看见那个Chart了吗？再点一下。

image.png

新弹出的窗口是不是就是你熟悉的了？

image.png

OK，到此结束。

Q5: 我有genename，怎么找promoter？

A：EPD数据库

网址：https://epd.epfl.ch/index.php

输入gene name

image.png

结果可跳转到UCSC genome 浏览器，getFASTA可以拿到fasta序列。UCSC genome 浏览器也可以用于查找特定位置的基因组序列。

UCSC genome browser: http://genome-asia.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway

image.png

Q6: 有没有细胞marker数据库？

A：有， cellmarker。

网址：http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/

支持human和mouse。

image.png

Q7:分子实验中需要的常用计算（如连接反应中插入片段与载体的摩尔比例）不懂怎么办？

A：NEB的BioCalculator。

image.png

Q8:有没有什么工具可以求两个genelist的overlap?

A:可以用Venny。

Venny：https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/

最多可以做四个list哦。

image.png

语雀文章链接：https://www.yuque.com/docs/share/7f3362b6-b7e1-49fd-8d56-07f34615084c?#

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