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癌症组学meta分析工具汇总(无代码)

前言:应师姐们的邀请,把大四时做Meta-Analysis的一些工具汇总到这里(也有一些新的)。其实做分析的工具很多,分析流程大同小异,最重要的是要明白分析流程的原理和各个参数的意义。

做预后分析的几个网站

oncoLnc:http://www.oncolnc.org/

Tips:这个是根据某个gene高表达和低表达进行分组,做的预后分析,数据来源于TCGA。

Step1:输入感兴趣的gene,submit。

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Step2:选择癌症,点击Yes Please!(这里需要对癌症的各个缩写熟悉一下啦)

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Step3:选择高低表达的分界线(预后分析的关键参数)

可选填50/50,即中位数划分。也有其他划分方法(如均值mean,或者上30%,下30%等等),submit后等结果吧。

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Step4:就是出图啦

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Progene:http://genomics.jefferson.edu/proggene/

Progene包含了TCGA和GEO的数据。

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这个网站就需要一步填好所有的Input和参数了。

最上面的三个框框,有三种输入格式,可根据自己的情况选择。查看单个基因的选第一个输入。

第二个框框,选择癌症类型。

第三个框框,做预后就不用改。

第四个框框,看见那个MEDIAN了吗?就是高低表达的分界线,默认是MEDIAN(中位数)。

image.png

点一下,看到有四个选项哦,自己去看各个参数的含义吧,用MEDIAN比较多。

我用TP53和BREAST举个例子吧。

我在第一个框框输入TP53后,其他不动(默认BREAST和MEDIAN),点击NEXT。就跳出来下面这个界面。这里需要选数据集(一般选all),只有被选中的,才会画图哦。

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点击SELECT/DESELECT ALL,看到YES前面的小框框打勾后,就可以点击CREATE PLOTS了。

image.png

最后结果:这里只展示了第一个结果。

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可以做表达分析+预后分析的网站

GEPIA2:http://gepia2.cancer-pku.cn/#index

看到pku.cn结尾,就知道这个是北大开发的工具,不仅仅可以做表达分析,也可以做预后分析(请自己去摸索流程,和前面几个网站的流程是一样的,现在有很多一体化流程的分析网站,但是分析的思路都是差不多的,这点自学能力要有,而且网站一般很友好的,不行还有百度不是么)。

分析流程总共有四个,Single Gene Analysis, Cancer Type Analysis, Custom Data Analysis以及Multiple Gene Analysis。

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依旧是TP53举例子,做个Single Gene Analysis, 点击 GoPIA! 后,就能看到许多漂亮的图了,可以看到TP53在各种癌症里的表达情况,有Dotplot和Barplot(仅展示了Barplot),还有其他一些信息。

image.png

chrislifescience: http://www.chrislifescience.club:3838/R/AnnoE2/

一个前辈开发的网站,还有公众号教程(公众号:Chris生命科学小站,原文链接:https://mp.weixin.qq.com/s/TeNDfTPHptnyU4Gah-ASLQ),就不搬运了。

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尾声:至于我是怎么做的,当然是R/Bioconductor啦,因为出图风格一致(ggplot2)。后续再整理R代码版本的吧(先挖一个坑,不知道什么时候填)。

语雀文章链接:https://www.yuque.com/docs/share/492ff9ae-aa81-4a6e-9840-22075ad51855?#

作者: 陈玫君

现任广州再生医学实验室研究实习员,苏州大学生物科学专业本科毕业,研究内容主要涉及分子生物学以及单细胞测序相关分析,曾实习于中科院上海植生所。



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