文献管理神器—Zotero 介绍

最近,我发现组内的师兄师姐在保存文献的时候还是在用文件夹的方式,对文献重命名方式也是各种样式,不方便查找。于是…

新组学技术| 时空组学技术(Stereo-seq)

新组学技术| 时空组学技术(Stereo-seq)

2020年,空间全转录组测序技术被Nature Methods评为年度技术方法;2021年,华大Stereom…

LeDock 应用于药物虚拟筛选

目前,一种药物被批准上市平均需花费20-30亿美元和10多年的开发。基于结构的虚拟筛选有可能加速药物研发。通过…

PROTOCOL网站

合理有效的protocol是保证研究正常推进的重要手段,对于某一专业领域的研究人员来讲,长期研究总结的经验可能…

虚位以待

Bio3D的安装与应用实例(DCCM)

1. Bio3D的介绍 Bio3D 是一款依托于 R 语言的工具包,包含用于分析生物分子结构、序列和轨迹数据的…

RDKit 的使用之获得Canoncial smiles 格式分子表达式

目前,化合物的 SMILES 格式表示逐渐被科研工作者们认知与认可。SMILES 是 Simplified M…

蛋白质聚集的分子动力学模拟

蛋白质聚集的分子动力学模拟 ( Molecular dynamics simulations of prote…

实验室常见杂菌

经常做微生物实验室的小伙伴一定有过这样的经历——染杂菌!!!这些杂菌颜色大小各不相同,有些可以明显区分有些则不…

计算机蛋白质设计的工具

近年来随着计算机运算能力的提升以及先进算法的涌现,计算机辅助蛋白设计逐渐成为蛋白质工程的研究热点。其中DBTL…

【小工具教程】准备Amber文件

【小工具教程】准备Amber文件

用途 为Amber分子动力学模拟准备所需的拓扑和坐标文件。支持生物大分子、有机小分子体系,暂不支持膜蛋白。 预…

GROMACS蛋白配体模拟:配体使用amber GAFF力场

软件与材料 本文内容使用到如下软件: Ambertools 20 GROMACS 2019.5 Gaussia…

GROMACS蛋白配体分子动力学模拟预处理过程简要笔记

体系说明 本文主要针对蛋白配体模拟体系的预处理过程做一个简短的记录。体系中包含一个蛋白质,六个初始位置不同的配…

GROMACS蛋白配体分子动力学模拟结果分析简要笔记

0. 引言 本文以前文为基础,对蛋白配体复合物分子模拟体系的结果进行一系列的粗浅分析,本文记述了简要的分析方法…

RT-PCR从实验到写作,零基础教程

PCR,相信我们都不陌生,是一种选择性体外扩增DNA或RNA片段的方法,即通过试管中进行的DNA复制反应,使极…

数据分析时,如何选择参考基因组

很早之前就看过关于参考基因组的资料来着,最近又忘得一干二净了,想整理笔记的时候看到了这篇很早之前的文章,于是决…

制造业的未来取决于生物技术

作者:John Cumbers,SynBioBeta的创始人及CEO。SynBioBeta是合成生物学领域的学…

R|解决100个常见生信小问题(1-5)

R|解决100个常见生信小问题(1-5)

前言:昨晚听了师兄开的博客熊言熊语,印象最深的Jimmy, 以及徐洲更,果子的两期,顺带做了一枚DIY的发卡。…

癌症组学meta分析工具汇总(无代码)

癌症组学meta分析工具汇总(无代码)

前言:应师姐们的邀请,把大四时做Meta-Analysis的一些工具汇总到这里(也有一些新的)。其实做分析的工…

新型冠状病毒检测技术

新型冠状病毒的特征 在具体介绍检测方法之前,有必要介绍下病毒本身。新型冠状病毒,世界卫生组织(WHO)最近将其…

传说中的RNA PULL DOWN是啥?

在这段不得不在家充电的非常时期,小编无意中看到一种叫做RNA pull-down的实验技术,估计有很多小伙伴和…

蛋白-DNA互作三驾马车之染色质免疫沉淀ChIP技术

我们经过系统的学习和整理发现研究蛋白-DNA互作共有三种应用广泛的技术,我们姑且称之为蛋白-DNA互作三驾马车…

基因表达调控系列问题汇总(更新了DAVID部分)

基因表达调控系列问题汇总(更新了DAVID部分)

前言 整理这个专题的缘由,是在朋友圈看到的求助信息。于是我想把我之前了解或者是做过的一些东西整理一下。 Q1:…

常用的生物学实验技术:荧光显微镜技术的介绍

概述 荧光是指物质吸收某个波长的光,然后释放出另一个波长的光的现象。受到激发跃迁到一个较高的不稳定能量状态的电…

预测:蛋白质胞内胞外分布!

众所周知,在细胞膜或者膜结构上有很多跨膜蛋白,它们有些片段在细胞外,有些片段在细胞内,分别发挥着不同的功能。对…

trRosetta: 在台式机上从头折叠一个蛋白——这台台式机最好有一块好显卡

作者: 刘源 北京大学化学与分子工程学院-王初题组特聘博士后 一、前言 去年CASP上AlphaFold打败了…

有关化合物靶点的活性验证探讨

1 A:我设计的靶点化合物已经测完细胞活性,除了需要买蛋白回来测活性以外,还有没有什么替代的方法来验证活性? …

如何选择用于分子对接的蛋白晶体结构

在使用殷赋云计算平台的时候,有不少用户对于如何选择蛋白晶体结构存在疑问。本篇就这个话题做一些经验分享。任何标准…

有关UCSF DOCK6、AUTODOCK 与AUTODOCK VINA对接准确率的探讨

有关UCSF DOCK6、AUTODOCK 与AUTODOCK VINA对接准确率的探讨

以下是我司精选的微信群聊天记录,想加入微信学术交流群的朋友,请在公众号“殷赋科技”首页输入“加群”,验证后入群…

分子对接打分与生物活性的关系

以下内容来自殷斌科技微信学术交流群。 1 A:一般虚拟筛选的小分子结合能低,docking分数很不错但实际活性…

将X-ray小角度散射与计算机模拟结合来进行蛋白结构研究

摘要:晶体学,冷冻电镜以及NMR是传统蛋白结构研究的三座大山,而随着计算机蛋白模拟技术的迅猛进步,使得x-ra…

不得不知道的免疫组织化学常见问题及处理方法

免疫组织化学(Immunohistochemistry, IHC)是免疫染色最常见的应用,其原理是利用抗体与生…

百花齐放的单细胞分析技术

正如世界上没有完全相同的两片树叶,世界上也没有两个相同的细胞,单个细胞都是独一无二的,它们在大小、蛋白质水平和…

QM方法在计算生物酶反应机理中的应用

【摘要】 主要介绍QM方法在计算生物酶反应机理中的应用,其中包括该方法下,一个常用软件模块Jaguar软件包的…

开发理性设计方法用于酶分子改造

【摘要】 定向进化和理性设计是两种常见的酶分子改造策略。定向进化策略已经被成功应用于酶活性、稳定性、底物特异性…

如何应用质谱仪进行氨基酸序列测定

第一步是蛋白酶切(Digestion) 成肽段 其中最常用的是胰蛋白酶,它在精氨酸(Arg)和赖氨酸(Lys)…

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