新组学技术| 时空组学技术(Stereo-seq)

新组学技术| 时空组学技术(Stereo-seq)

2020年,空间全转录组测序技术被Nature Methods评为年度技术方法;2021年,华大Stereom…

Bio3D的安装与应用实例(DCCM)

1. Bio3D的介绍 Bio3D 是一款依托于 R 语言的工具包,包含用于分析生物分子结构、序列和轨迹数据的…

RDKit 的使用之获得Canoncial smiles 格式分子表达式

目前,化合物的 SMILES 格式表示逐渐被科研工作者们认知与认可。SMILES 是 Simplified M…

【小工具教程】准备Amber文件

【小工具教程】准备Amber文件

用途 为Amber分子动力学模拟准备所需的拓扑和坐标文件。支持生物大分子、有机小分子体系,暂不支持膜蛋白。 预…

虚位以待

GROMACS蛋白配体模拟:配体使用amber GAFF力场

软件与材料 本文内容使用到如下软件: Ambertools 20 GROMACS 2019.5 Gaussia…

GROMACS蛋白配体分子动力学模拟预处理过程简要笔记

体系说明 本文主要针对蛋白配体模拟体系的预处理过程做一个简短的记录。体系中包含一个蛋白质,六个初始位置不同的配…

GROMACS蛋白配体分子动力学模拟结果分析简要笔记

0. 引言 本文以前文为基础,对蛋白配体复合物分子模拟体系的结果进行一系列的粗浅分析,本文记述了简要的分析方法…

数据分析时,如何选择参考基因组

很早之前就看过关于参考基因组的资料来着,最近又忘得一干二净了,想整理笔记的时候看到了这篇很早之前的文章,于是决…

R|解决100个常见生信小问题(1-5)

R|解决100个常见生信小问题(1-5)

前言:昨晚听了师兄开的博客熊言熊语,印象最深的Jimmy, 以及徐洲更,果子的两期,顺带做了一枚DIY的发卡。…

基因表达调控系列问题汇总(更新了DAVID部分)

基因表达调控系列问题汇总(更新了DAVID部分)

前言 整理这个专题的缘由,是在朋友圈看到的求助信息。于是我想把我之前了解或者是做过的一些东西整理一下。 Q1:…

预测:蛋白质胞内胞外分布!

众所周知,在细胞膜或者膜结构上有很多跨膜蛋白,它们有些片段在细胞外,有些片段在细胞内,分别发挥着不同的功能。对…

trRosetta: 在台式机上从头折叠一个蛋白——这台台式机最好有一块好显卡

作者: 刘源 北京大学化学与分子工程学院-王初题组特聘博士后 一、前言 去年CASP上AlphaFold打败了…

有关化合物靶点的活性验证探讨

1 A:我设计的靶点化合物已经测完细胞活性,除了需要买蛋白回来测活性以外,还有没有什么替代的方法来验证活性? …

如何选择用于分子对接的蛋白晶体结构

在使用殷赋云计算平台的时候,有不少用户对于如何选择蛋白晶体结构存在疑问。本篇就这个话题做一些经验分享。任何标准…

有关UCSF DOCK6、AUTODOCK 与AUTODOCK VINA对接准确率的探讨

有关UCSF DOCK6、AUTODOCK 与AUTODOCK VINA对接准确率的探讨

以下是我司精选的微信群聊天记录,想加入微信学术交流群的朋友,请在公众号“殷赋科技”首页输入“加群”,验证后入群…

分子对接打分与生物活性的关系

以下内容来自殷斌科技微信学术交流群。 1 A:一般虚拟筛选的小分子结合能低,docking分数很不错但实际活性…

将X-ray小角度散射与计算机模拟结合来进行蛋白结构研究

摘要:晶体学,冷冻电镜以及NMR是传统蛋白结构研究的三座大山,而随着计算机蛋白模拟技术的迅猛进步,使得x-ra…

计算机辅助酶设计—基于酶催化循环的软件工具介绍

嘉宾:蒲中机 博士,大连理工大学 主持人:汤文 摘要: 酶作为理想的催化剂,显示出显著的反应速率、高立体化学和…

【实用干货】如何上传数据至NCBI?

高通量测序结束之后,想要发表文章,除了要面对数据分析这一难题,还需要将测序数据上传至NCBI。 上传到NCBI…

高质量PyMOL作图教程

高质量PyMOL作图教程

前言 上一期,小编教大家使用殷赋云计算平台(http://cloud.yinfotek.com)重现了一篇20…

分子对接简明教程

1. 分子对接(molecular-docking)理论 所谓分子对接就是两个或多个分子之间通过几何匹配和能量…

克隆基因全长读码框的秘诀

在分子克隆实验中,获取基因的全长开放读码框(ORF)有时候会是一个挑战。对于新手来说,这个实验有时候可以卡很久…

如何在Rstudio中运用Git进行版本控制

Warning:以下内容基于笔者本人使用的Win10操作系统编写。 前言 R语言是进行生物信息学数据分析工作的…

R语言绘图-常用参数

写在开头 本次推送的主要内容是R语言中常用参数的介绍和使用方法,也是较为基础的,更适合刚刚开始学习R语言的小萌…

除了KEGG,这些信号通路研究的数据库你造么?(附通路绘画常用软件)

信号通路作为细胞内活动的真实写照,素来都是分子机制研究的重头戏,因而无论是高分文章还是申请基金,都少不了要抱抱…

R语言介绍与基础

作为科学工作者和学习者,一旦提到统计作图,必然绕不开一种计算机语言——R语言。R作为一种用于统计分析、绘图的自…

ProtParam预测蛋白质基本理化性质

蛋白质理化性质是蛋白质研究的基础,我们先来看看蛋白质的基本性质有哪些。 蛋白质的基本性质 相对分子质量 氨基酸…

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