工具使用 – BioEngX

文献管理神器—Zotero 介绍

最近，我发现组内的师兄师姐在保存文献的时候还是在用文件夹的方式，对文献重命名方式也是各种样式，不方便查找。于是…

LeDock 应用于药物虚拟筛选

目前，一种药物被批准上市平均需花费20-30亿美元和10多年的开发。基于结构的虚拟筛选有可能加速药物研发。通过…

2022-01-24 506赞 10阅读 33评论

Bio3D的安装与应用实例（DCCM）

1. Bio3D的介绍 Bio3D 是一款依托于 R 语言的工具包，包含用于分析生物分子结构、序列和轨迹数据的…

2022-01-03 569赞 40阅读 33评论

计算机蛋白质设计的工具

近年来随着计算机运算能力的提升以及先进算法的涌现，计算机辅助蛋白设计逐渐成为蛋白质工程的研究热点。其中DBTL…

2021-07-27 794赞 23阅读 27评论

【小工具教程】准备Amber文件

用途为Amber分子动力学模拟准备所需的拓扑和坐标文件。支持生物大分子、有机小分子体系，暂不支持膜蛋白。预…

2021-01-14 378赞 1,494阅读 28评论

癌症组学meta分析工具汇总（无代码）

前言：应师姐们的邀请，把大四时做Meta-Analysis的一些工具汇总到这里(也有一些新的)。其实做分析的工…

2020-04-07 548赞 5,894阅读 26评论

基因表达调控系列问题汇总(更新了DAVID部分)

前言整理这个专题的缘由，是在朋友圈看到的求助信息。于是我想把我之前了解或者是做过的一些东西整理一下。 Q1:…

2020-04-02 519赞 5,315阅读 26评论

常用的生物学实验技术：荧光显微镜技术的介绍

概述荧光是指物质吸收某个波长的光，然后释放出另一个波长的光的现象。受到激发跃迁到一个较高的不稳定能量状态的电…

2020-02-24 545赞 5,869阅读 25评论

预测：蛋白质胞内胞外分布！

众所周知，在细胞膜或者膜结构上有很多跨膜蛋白，它们有些片段在细胞外，有些片段在细胞内，分别发挥着不同的功能。对…

2020-01-02 548赞 8,780阅读 27评论

trRosetta: 在台式机上从头折叠一个蛋白——这台台式机最好有一块好显卡

作者: 刘源北京大学化学与分子工程学院-王初题组特聘博士后一、前言去年CASP上AlphaFold打败了…

2020-01-02 857赞 23阅读 28评论

有关化合物靶点的活性验证探讨

1 A:我设计的靶点化合物已经测完细胞活性，除了需要买蛋白回来测活性以外，还有没有什么替代的方法来验证活性? …

2019-12-24 550赞 3,266阅读 24评论

如何选择用于分子对接的蛋白晶体结构

在使用殷赋云计算平台的时候，有不少用户对于如何选择蛋白晶体结构存在疑问。本篇就这个话题做一些经验分享。任何标准…

2019-12-05 971赞 41阅读 30评论

有关UCSF DOCK6、AUTODOCK 与AUTODOCK VINA对接准确率的探讨

以下是我司精选的微信群聊天记录，想加入微信学术交流群的朋友，请在公众号“殷赋科技”首页输入“加群”，验证后入群…

2019-11-25 588赞 6,300阅读 26评论

分子对接打分与生物活性的关系

以下内容来自殷斌科技微信学术交流群。 1 A:一般虚拟筛选的小分子结合能低，docking分数很不错但实际活性…

2019-11-15 630赞 6,355阅读 27评论

将X-ray小角度散射与计算机模拟结合来进行蛋白结构研究

摘要：晶体学，冷冻电镜以及NMR是传统蛋白结构研究的三座大山，而随着计算机蛋白模拟技术的迅猛进步，使得x-ra…

2019-11-09 971赞 29阅读 29评论

怎么确定小分子与蛋白的活性位点

以下内容来自殷赋科技微信学术交流群。一 A:对接的时候，小分子与蛋白的活性位点是怎么选呢?参照文献么?选择的…

2019-10-24 425赞 7,007阅读 28评论

蛋白质研究必备：等电点计算（pI）

蛋白质研究的小伙伴们肯定经常接触到一个名词，等电点（isoelectric point）。当蛋白质处于某一pH…

2019-10-23 490赞 27,508阅读 27评论

【LC-MS】基于质谱的分析化学技术

01 生物质谱法质谱（MS）是先将物质离子化，按离子的质荷比分离，然后测量各种离子谱峰的强度而实现分析目的的…

2019-10-22 386赞 4,758阅读 31评论

如何提高虚拟筛选准确性？

殷赋科技学术交流群，期待你的加入。公众号首页输入“加群”，验证即可入群。 1 A:怎么提高虚拟筛选准确性?目前…

2019-10-17 404赞 4,102阅读 26评论

蛋白质残基二面角的展现形式

以下内容来自“Rosetta中文社区”微信群 A：请问这张图，legend中，ρ P r g t分别是什么？出…

2019-09-30 395赞 10,452阅读 45评论

一般多肽-蛋白复合物分子模型的计算机构建思路与工具

嘉宾：李睿硕士，海南大学主持人：宗迅成摘要：随着技术进步，计算机算法的不断改进，超级计算机等硬件的不断…

2019-09-28 385赞 5,741阅读 31评论

通过计算机设计来降低抗体片段构象的灵活性及聚合速率

嘉宾：章程博士，伦敦大学学院主持人：惠成功时间：2019年9月3日晚20:00 摘要： Computati…

2019-09-23 424赞 3,742阅读 26评论

Protonation state, binding affinity and conformational change, what can free energy computation tell us

嘉宾：邬知易博士，牛津大学主持人：于浩然时间：2019年8月20日晚8点摘要：随着计算成本的不断降低与…

2019-09-23 1.04K赞 20阅读 28评论

计算机辅助酶设计—基于酶催化循环的软件工具介绍

嘉宾：蒲中机博士，大连理工大学主持人：汤文摘要：酶作为理想的催化剂，显示出显著的反应速率、高立体化学和…

2019-09-21 1.01K赞 60阅读 28评论

质谱中常用到的几种离子源

在有机分析中，质谱仪是一种非常常用的仪器。质谱仪主要由进样系统、离子源、质量分析器、检测器和数据处理系统等几大…

2019-07-08 398赞 47,752阅读 29评论

【实用干货】如何上传数据至NCBI？

高通量测序结束之后，想要发表文章，除了要面对数据分析这一难题，还需要将测序数据上传至NCBI。上传到NCBI…

2019-07-01 1.08K赞 93阅读 30评论

Rosetta Cartesian_ddG: 更快更准确的蛋白质稳定性预测方法

前言计算单点突变自由能是分子稳定性改造的”老套路”。FoldX以及ddg_monom…

2019-06-02 1.08K赞 94阅读 33评论

高质量PyMOL作图教程

前言上一期，小编教大家使用殷赋云计算平台（http://cloud.yinfotek.com）重现了一篇20…

2019-04-06 1.06K赞 68阅读 28评论

【文献重现】D715-2441 抑制剂与PB2蛋白的结合模式研究

【前言】从本期起，小编将带领大家使用殷赋云计算平台（http://cloud.yinfotek.com/）来…

2019-04-02 1.08K赞 39阅读 26评论

电脑中有这两个P就可以搞定WB

论文撰写这件事情看似很高大上，但是有些图片只需常备软件就可以处理的很好，今天给大家介绍两种简单易学处理WB图片…

2019-03-10 1.06K赞 16阅读 27评论

小程序| 最好用的SCI期刊分区和影响因子查询工具

广大医学科研人员将多年的临床心血化为一篇论文之后，最重要的阶段就是选择合适的SCI期刊发表。但如何找到合适的期…

2019-01-05 1.07K赞 48阅读 29评论

从实验室走向大众，一文读懂Nanopore测序技术的发展及应用

随着基因测序技术不断突破，二代测序的发展也将基因检测成本大幅降低。理想的测序方法,是对原始DNA模板进行直接、…

2019-01-05 1.11K赞 53阅读 30评论

分子对接简明教程

1. 分子对接(molecular-docking)理论所谓分子对接就是两个或多个分子之间通过几何匹配和能量…

2018-11-09 1.17K赞 157阅读 8评论

表观遗传你了解多少？

经典的遗传学（Genetics）无法解释同卵双胞胎为何长相并非一模一样，克隆三花猫为何毛色不一致，因为这些变化…

2018-10-31 1.09K赞 27阅读 25评论

视频|使用细胞计数板计数细胞

前言许多生物医学实验为了得到精确，可重复性，且有统计意义的数据，需要操作已知数目的细胞。因此，了解如何计数细…

2018-10-28 253赞 7,951阅读 26评论