相信大家在做PCR反应时总能遇到这样或是那样的问题，但多数都可以归为两个主要原因：
- 基因模板的扩增太少（amplification）;
- 非目标基因扩增太多。
但是大家可以使用添加剂来解决这些问题。通常添加剂的作用有两方面：
- 降低基因的二级结构（secondary structure）;
- 降低非特异性的启动（priming）。
今天小编就会简单给大家介绍一下PCR反应中常见的添加剂以及它们的作用。
二甲基亚砜（Dimethyl sulfoxide，DMSO）
DMSO可以降低DNA的二级结构，所以通常在扩增GC含量很高的基因样本的时候都会添加。但是，DMSO 也会大大降低Taq 聚合酶（Taq polymerase）的活性（activity）。所以，大家要权衡好模板的接近率（template accessibility）和聚合酶的活性。小编建议大家可以尝试不同的DSMO的浓度，例如从2% 到10%，来找出适合自己实验的浓度。
非离子性洗涤剂（Non-ionic detergents）
非离子性洗涤剂，例如0.1-1% 的Triton X-100, Tween 20 或是NP-40，通常可以降低DNA二级结构。虽然这样可以增加模板基因的扩增，但也会带来非特异性扩增的困扰。所以，这些添加剂对无杂物低产量的PCR反应很管用，但对相对不太纯的PRC反应就没那么好了。非离子性洗涤剂的另外一个好处就是可以减少SDS 污染。通常在DNA提取过程中，SDS会被带到PCR这个步骤，这就大大抑制了聚合酶的活性。所以，反应中加入0.5% 的Tween-20 或是Tween -40 可以中和SDS带来的负面影响。
甜菜碱（Betaine）
甜菜碱可以通过减小二级结构的形成来提高DNA的扩增，并且一般是商用PCR kit的“神秘”添加物。如果大家要用甜菜碱的话，应该放甜菜碱或是一水甜菜碱（Betaine or Betaine mono-hydrate），但不是盐酸甜菜碱（Betaine HCl）, 调成最终浓度为1-1.7M 的浓度。甜菜碱还可以帮助提高特异性，因为它能消除DNA融化/变性时对碱基对的依赖（eliminate the base pair composition dependence of DNA melting/DNA denaturation） 1。
Reference:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8418834
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