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基因ID转换小工具,太实用了!

在做差异基因分析的时候,你有没有看到一个基因编号是ENSG*********或者AB*********_at,想知道它的基因名,或者想知道某一染色体位置上有哪些基因,又或者一些基因哪些是蛋白编码而哪些则是lncRNA
如何你有这样或者其他类似关于基因转换的疑惑的话,那么今天给大家介绍个网站。
今天我们介绍的实用小工具来自于ensembl 网站的应用biomart,它是ensemble旗下的一个基因查询的工具,网址是www.ensembl.org/biomart

下面我们就一点儿一点儿的看一下这个网站吧。
1.进入网站,我们选择数据库和物种基因,选择ensembl gene和hunman genes

在选择好数据库之后,我们在左侧会看到这么一个状态栏

我们需要做的也就是
①在“filters”里面选择我们想要输入的基因信息。
②在“Attributes”里面选择我们想要得到的基因信息。
③点击“count”。
④点击“Results”得到结果
假如我们有一堆ensembl编码的基因,我想知道他们的基因名,基因类型及转录本长度。

我需要做的就是在“Filters”→“GENE”→“gene table ID”输入我们要的基因

在“Attributes”中依次选择“GENE”→“Gene name”、“Gene type”、“Transcript length”

然后点击“counts”→“Results”,就得到结果了

点击”GO”即可下载所有结果

Biomart除了ID转换之外还有很多功能。
比如我们想知道第一染色体的p13.1的所有基因有哪些。那么我们就可以在“REGION”→“Chromosom/scaffold”、“Karyotype band”中选择好位置

在“Attributes”中选择“GENE”→“Gene name”即可得到结果。

其实biomart的功能还有很多。它给你提供了很多的选项让你可以组合出自己想要的结果。所以如果有基因转换和基因查询相关的问题,不妨可以试一下。

作者: xzlky2015

聊聊跟科研有关的感想心得,如基金,文章和实验。公号:xzlky2015



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邮箱: info@bioengx.org

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