您的位置 首页 企业推介

微信学术交流群之聊天记录(1)

以下内容来自殷赋学术交流群,由小殷收集整理,希望对大家有所帮助。

虚拟筛选相关

A:问一下,贵公司有没有关于虚拟筛选的在线培训课程?

小殷 :没有呢。不过今年平台会上线虚拟筛选功能,届时会针对此功能进行免费培训。

A :哦哦,之前看过公众号的教程,哈哈哈,但是想系统学一下如何选择和使用分子库。

殷赋科技 : 分子库大多使用商业库,主要看你们经费条件。尽量选择结构多样性良好的库。化合物库还需要经过一系列仔细的处理,包括:结构检查、加氢(质子化)、加电荷、能量优化。我们会在平台上提供这项功能。

如果有版权,可以用MOE来处理,先wash,再minimize。或者你手头有其他软件,也可以使用,Sybyl、DS这些软件都有完善的工具。我们是使用免费开源的编程库来编写程序的,这方面恐怕难以传授。最好使用我们的平台,它是我们多年的技术经验的积累。

A :谢谢啊,我参考你们的教程和paper,可以做现有单个化合物模拟(模仿),但是还不太懂选择库,好的 ,很期待。

殷赋科技 : 你说的是两件事吧,一个是使用分子对接预测结合模式,另一个是虚拟筛选。前者不用选库啊,而是你指定若干个化合物,最好经过实验验证的。后者也是根据需要去挑选,比如想筛选有机小分子的,可以选Specs、ChemDiv、Enamine等库。

B:第一个是反向筛靶的是么?就是指定化合物筛选其靶标?

殷赋科技:不是啊,也不是正向筛选,就是对某些感兴趣的化合物进行分子对接,去了解他们在蛋白口袋中的结合模式(方式)和相互作用情况。

如果对编程感兴趣,我们也可以教授一些基础,用来处理日常工作。建议学习Linux和Python。

A:好的,我对编程感兴趣,但是它对我不感兴趣,我先等平台吧。

殷赋科技: Python很好学,当年我花了一个晚上就看完这篇《A byte of python》(建议学Python3):https://python.swaroopch.com/,我能学会,大家都可以。

云计算平台

D:目前云平台可以进行什么分析,是免费的吗?还是如何收费的?

小殷:目前可做分子对接的vina与dock6方案,注册会送2张计算券。dock6方案80元/个分子,vina60元/个分子。

C:vina和dock6差别大么?

殷赋科技: 不同对接算法,打分也不同。

D:目前有分子动力学模拟的项目吗?

小殷:打算今年开发。

D:这个的价格大概会在多少钱?

小殷: 还没推出的功能,暂时还没定价。不过相对人工服务,还是非常便宜的。

E:请问贵公司分子动力学的算法适用于DNA的模拟吗?

殷赋科技:  动力学是调用GROMACS等开源免费软件,我们是在此基础上进行加工和拓展。GROMACS有适用于DNA的力场(Amber ff99SB等力场),非常适合用来模拟DNA。

ECD图谱制作

F:张老师,问你个专业问题,用SpecDis怎么对多个化合物的ECD图谱进行比较呢?还是需要用其它软件?

殷赋科技:这个过程需要操作的东西比较多,待我细细道来:

假设有3个构象,gaussian计算结果文件为a-1.log、a-2.log、a-3.log。步骤如下:

1、建立3个文件夹,如1、2、3,将log文件分别放进去;

2、使用SpecDis的Tools,分别提取heat和spectra。此时,得到了新的文件夹heat和spectra;

3、将heat文件夹中的*.heat文件复制到spectra文件夹中;

4、使用SpecDis中的sum spectra,选择spectra文件夹中的三个*.cd.bil文件,点击Start,即得到复合曲线(玻尔兹曼平均图谱)。

然后就是一般的比较过程了,我们会在平台上实现此功能,到时候就不需要如此麻烦的操作了。

F:怎么对多个化合物,比如手性拆分后的对应异构体的测量图谱和计算图谱放在一个图里面呢?

我现在就一步计算一个文件夹,之前请教过您这个问题。

我用这个只会比较一个拟合图谱和测量图谱,能不能对比多个拟合图谱和测量图谱?

殷赋科技:不建议用SpecDis来做图,可以把图谱数据导出来,用Excel或者其他软件来做。

F:我也想过用Excel作图,但是紫外校正和sigma值的调整怎么实现呢?

殷赋科技:点击右下角Plot settings,修改一下命名,比如:

殷赋科技:然后回到主界面,点击右下角plot PNG。就会得到xy文件了。注意:这些文件需要校正,所以,你要记下来计算曲线对应的UV-Shift值和scaling factor值。在Excel作图的时候,就将计算曲线的横坐标±Shift值,纵坐标×或÷scaling factor值。

F:我记得是不是还有一个sigma值,就是调整峰款的宽?

殷赋科技:sigma已经用上了,你在SpecDis上看到的曲线就是sigma的结果。

F:那个EXCEL里怎么实现?

殷赋科技:所以,不用再Excel里使用sigma。

G:那么计算出来谱图纵坐标和实测谱图的Mdeg纵坐标,是什么关系?

F:这个问题我还没弄明白,还是请张老师回答吧。

殷赋科技:我们忽略纵坐标单位就好,因为做了scaling嘛,计算曲线纵坐标的绝对值已经没有意义了。

F:反正我看文献里面写啥单位的都有。

殷赋科技:实验是啥单位,图谱就啥单位。

G:噢,那就是只要趋势一样,就行了吧?

F:对对,就是这样,我曾经用PS把一个图谱里的谱线复制到了另一个图谱里,对齐坐标,现在想想真傻。

H:计算ECD怎么收费?

殷赋科技:现在人工服务4000起,等平台上上线了自助计算方案,就便宜了,不过还没定价格。

G:张老师,我还有一个问题,就是有的文献里计算一个,再把结果镜像一个(偷懒了)。但是有的文献把一对对映异构体都算了,最后ecd谱图还不是成镜像的?这是什么导致的?

殷赋科技: 偷懒的方法是肯定对称,真正去算对映异构体的话,因为构象搜索不如量化计算那么精确,甚至如果你用的是随机算法,产生构象就不对称了,所以结果有偏差也不足为奇。

G:那就是偷懒的方法-做个镜像,可能和理论更相符点。实际计算还可能有误差?

殷赋科技:如果确定构型判断没问题,就用偷懒的方法来做图。

看完以上内容,是不是有想入群的冲动!加群即可与众技术大牛实时交流,赶快行动吧!

加群方式:关注微信公众号“殷赋科技”,菜单栏输入“加群”,根据图片提示操作即可。

我司推出云计算平台,可自助完成分子对接计算,欢迎使用。更多资讯,请登录www.yinfotek.com或关注微信公众号。

作者: 殷赋科技

广州市殷赋信息科技有限公司(简称“殷赋科技”),成立于2015年11月。承蒙多所高校教授与研究生的鼎力支持,我们在药物设计与筛选、计算化学/化学信息学、计算生物学/生物信息学及机器学习等领域进行了长期研究并积累了丰富的实践经验。殷赋科技坚持“科技引领创新,专业提升效率”的理念,致力于成为国际领先的科研与应用信息技术服务提供商,推动国内外科研、教育机构与研发企业共同发展,在“信息咨询、计算服务、教育培训、软件开发”等方面为客户提供优质的一站式服务。



发表评论

您的电子邮箱地址不会被公开。

联系我们

联系我们

(44)07934433023

在线咨询: QQ交谈

邮箱: info@bioengx.org

关注微信
微信扫一扫关注我们

微信扫一扫关注我们

关注微博
返回顶部
Designed by

best down free | web phu nu so | toc dep 2017