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预测:蛋白质胞内胞外分布!

众所周知,在细胞膜或者膜结构上有很多跨膜蛋白,它们有些片段在细胞外,有些片段在细胞内,分别发挥着不同的功能。对于研究比较程度的蛋白指标而言,小伙伴们都可以通过成熟的数据库平台进行查阅,比如:我们的老朋友平台:Uniprot (https://www.uniprot.org/)

下面均以EGFR(P00533)蛋白为例,展示如何查找或者预测蛋白质的胞内与胞外分布:

已知蛋白

①查找蛋白指标:VEGF,找到对应的种属蛋白:

②点击亚细胞定位(Subcellular location)

③ 往下翻找到Topology(拓扑学),了解胞内,胞外分布:

未知蛋白

①打开Topocons网站:
http://topcons.cbr.su.se/

② 如上图,在文本框中导入相关序列的FASTA格式序列(必须含>sp…相关内容),建议提供您的邮箱(结果预测出来后,会给您发邮件,如下图),然后点击提交(Submit)即可。

③ 观察结果:蓝色表示胞外部分(26-644 aa);红色表示胞内部分(666-1210 aa)。

通过上述2种方法对比发现,其实Topcons预测结果,与实验验证的数据库Uniprot结果非常接近,可信度非常棒!

以上希望可以帮助到更多的科研小伙伴们,更多资讯,欢迎持续关注每日生物评论(Bio-review)哦~

作者: 每日生物评论

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评论列表(1)

  1. 询问下蛋白质的细胞内/细胞外应该叫蛋白质的什么属性呢?是否有英文方面的专业术语表示?

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