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几个实用而有趣的科研网站

—-今天的封面图是最有名的KEGG新陈代谢路径图,考考大家的眼力,哪一个是三羧酸循环(TCA循环)~~~

现在网上有许多和分子生物学相关的网站,大部分是属于实用型的,BioEngX小编今天推荐的几个网站有的不光实用,而且还十分整洁美观、有趣易用。

KEGG Pathway

全名:KEGG PATHWAY Database

网址:http://www.genome.jp/kegg/pathway.html

一个记录蛋白与蛋白,反应与反应之间联系的数据库网站,基本意思就是,他们记录了现有的各种功能性蛋白质,并且将他们参于的生化反应全部画出来了。就如封面图所示,圆点代表一个特定的酶,而线代表特定的反应,不同系列的反应由不同的颜色表示。每一个圆点和每条线都可以进一步点击,查看这个蛋白或反应的细致内容。

在KEGG的主页我们可以看到,他们不仅仅记录新陈代谢反应,还有其他六个章节的反应路径:

  1. Metabolism
  2. Genetic Information Processing
  3. Environmental Information Processing
  4. Cellular Processes
  5. Organismal Systems
  6. Human Diseases
  7. Drug Development

今天这篇文章的封面图只是Metabolism这一章节中的第一张路径图(Global View)而已,除此以外还有许多更细致的路径图,所以其内容是相当丰富的。KEGG能给我们提供的是一个全局视野,特别是对搞路径研究、生物催化的童鞋们,这个网站还是很有启发意义的。

Reactome

全名:Reactome: Database of Biomolecular Pathways

网址:http://www.reactome.org/PathwayBrowser/

记录了十九种物种的结构性及功能性生物大分子的关系。与KEGG相比,Reactome除了记录蛋白和催化反应外,更倾向于以整个细胞为单位,记录各种生化功能背后的那些生物大分子的活动,贴一种图来说明:

这是一张人类细胞所有已知生化反应的表现图,在Reactome网站上,这张图是可以随意缩放的,每条线点进去都是详细的路径介绍。除了我们熟知的新陈代谢外,其中更有很多关于细胞分裂、细胞运动、细胞信号的内容。而且每个生化功能背后的蛋白都有详细介绍,除基本功能外,还有蛋白3D晶体结构介绍等等。

GeneMANIA

全名:GeneMANIA

网址:http://genemania.org/

具体为什么是这样一个名字,小编也不知道:(。这是一个极简风格的基因功能预测与联系网站,但是只能在特定物种内进行预测,目前只有九种标准生物,比如E.coli、酵母、果蝇、人类等等。

大概风格就是这样,除了显示出基因与基因之间的联系外,还显示基因的表达情况、与其他基因在基因组中的距离等等信息,更多功能留待各位去看看喽~~

UniProt

全名:UniProt Knowledgebase

网址:http://www.uniprot.org/

搞蛋白的人必去或常去的网站,各种蛋白数据大合集,不得不服!贴张图在这里,就不多说了~~

Size&Scale

全名:Cell Size and Scale

网址:http://learn.genetics.utah.edu/content/cells/scale/

犹他大学的一个网页,小编私以为做的很精致,描述了从cm到pm的尺标大小。

贴图举个栗子

从最大的咖啡豆开始

到常见的X染色体及E.coli

继续往下是常见的生物大分子

关于科研网站就介绍到这里吧,还有什么实用、简洁又有趣的科研网站,请在文末留言分享给大家哦~


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作者: 卢阳

伦敦大学学院博士,研究方向为生物催化和细胞色素P450开发;BioEngX创始人之一。知乎主页:簏岩。



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