如何用Pymol做出那些美呆的结构图（晋级篇）

上一次的文章，我们介绍了Pymol的一些基础界面操作，点这里。今天我们主要了解一下Pymol的一些基本命令操作。就像Linux一样，要想更好的操作Pymol，掌握一些常用的命令是必不可少的。 Pymol中输入命令行的位置是外部GUI窗口，如图1中空白区域：

图1

Pymol是区分大小写的，不过目前为止Pymol还是只用小写，所以记住，所有的命令都是使用小写字母的。下面我们先来了解一下Pymol的语法。

Pymol命令的语法

Pymol的命令都是由关键词（keyword）加上一些变量（argument）组成，格式如下：

Pymol> keyword argument

无变量命令

每个命令关键词（keyword）是必须的，而变量则不是必须的，比如退出命令quit就不需要附加变量：

Pymol> quit

单变量命令

当然更多的命令通常是需要加变量的，比如放大命令zoom，但是你会发现即使你不加任何变量该命令也可以被执行，这是因为Pymol的许多命令有一个默认变量，下面两个命令的作用是一样的，其中的目标选择all就是zoom的默认变量：

Pymol> zoom

Pymol> zoom all

多变量命令

还有些命令可以带多个变量，比如加色命令color，它的用法如下：

Pymol> color color-name

虽然在描述上只带一个变量”color-name”，但其实它包含了第二个默认变量all，所以它的作用是把整个结构变成”color-name”的颜色。所以当你输入如图2命令color red时，所有的原子都变成了红色。

图2

如果我们不想把全部区域上成红色，那么就要写出除“color-name”外的第二个变量，书写格式如下：

Pymol> color red, selection-expression
和“color red”的区别就是把默认的目标选择变量“all”变成了”selection-expression”，也就是说只有被这个变量选中的部分才会被变成”red”定义的颜色。要注意的是，如果一个命令带多个变量，则这些变量之间必须用逗号”,”隔开。”selection-expression”，所谓的”选择表达”，可以很简单，也可以非常地复杂。这个对Pymol命令的使用非常重要，下面我们详细了解下。

选择目标

在Pymol选择目标命令即select命令，非常常见，其标准表达格式是这样的：

Pymol> select selection-name, selection-expression

其中 selection-name是我们自己起的名字，selection-expression即为选择表达。选择表达（selection-expression）表示的是被选中的部分，它们可以是一些个原子，一些个Helix，一些个Beta sheet，或者它们的混合物。你可以给你的选择表达起个名字，以便可以多次使用它们。

选择表达由所谓的”selector”加上”identifier”组成，其中”selector”定义了某类属性，而”identifier”则在该类属性下需要被选择的部分。

举个栗子

Pymol> select test, resi 142+185-192+282

其中”resi”就是一个selector，它表示在pdb文件中氨基酸的编号；”142+185-192+282″则是对应的indentifier，它表示我们要选择蛋白质结构中的第142位，185-192之间的以及282位置的氨基酸。

整个语句的作用就是选择上述的氨基酸并命名为”test”。我们以图2红色结构为例子输入栗子命令便得到图3结构。可以发现在我输入上述的命令后，一共有142个原子被选择了。这些原子在Viewer中标识出来，同时一个叫作test的selection产生了。

图3

下表列出了一些常见的selector：

在选择表达中，selector还可以配合逻辑操作子（logical operator）使用，这样我们可以表达更加复杂的选择。这些操作子被列于下表中：

这些逻辑选择还可以组合使用。比如你想选择chain b，但是不选择其中的residue 88：

Pymol> select chain b and (not resi 88)

在使用多重逻辑选择时，为了让Pymol正确处理顺序，请使用括号，这样最里层括号里面的内容将会被最先处理，以此类推。在Identifier中用到的原子以及氨基酸的命名规则可以在下面的网址中找到：http://www.wwpdb.org/docs.html

因此通过select的命令，我们可以选择蛋白质中几乎任何目标，大到一条链，小到一个原子。获得目标后我们便可以对其进行zoom，改变颜色，改变显示方式，进行标记等操作了。

对选择对象进项操作

对选择对象的操作可以包括显示（show），隐藏（hide），标记（label），删除（delete），缩放（zoom），ray等。功能非常多，我们只给出一些例子，其余的就靠小伙伴们自己挖掘了。

显示与隐藏

Pymol> show representation

Pymol> hide representation

其中representation可以为：cartoon, ribbon, dots, spheres, surface和mesh。使用这2个命令可以让Pymol以不同的方式显示蛋白质结构。

还记得我们上篇文章中，刚刚打开一个PDB文件，Pymol显示出来的结构是杂乱无章的。如果我们输入这个命令

Pymol> show cartoon

便得到图4

图4

然后我们输入

Pymol> hide lines

将得到图5

图5

移除溶剂分子

可以发现上图中还有一些红色的小点点，其实这是水分子，我们可以通过这个命令来移除结构中的溶剂分子得到图6。

Pymol> remove solvent

图6

改变目标颜色

上面我们已经介绍了如何给目标改变颜色。我们运行下列的命令，你能猜到图像变成什么样的了吗？

Pymol> color red, ss h

Pymol> color yellow, ss s

Pymol> color green, ss l+

其中“ss”代表secondary structure，“h”代表Helix，“s”代表Beta sheet，l+代表Loop和所以其他结构。这3句的作用分别是把所有的Helix变成红色；把所有的Beta sheet变成黄色；把所有的Loop以及其他部分变成绿色，于是我们得到图7

图7

改变背景颜色

为了得到能用来发表的图片，我们需要将背景变为白色，上次我们知道可以通过菜单栏进行设置，那怎么用命令行来进行呢？输入这个命令：
Pymol> bg_color white

图8

Ray

如果觉得当前显示窗口里面显示的结构图像已经满足你的要求了，我们就可以将它保存为图片。在这之前我们可以使用ray命令来优化图像，它可以使图像具有三维的反射及阴影特效，直接使用这个命令: Pymol> ray，即可得到图9

图9

对Pymol的介绍在这里要告一段落了，小编相信聪明的大家看过这两篇文章后，只要经过简单的练习，人人都可以做出美呆的蛋白质结构图的。

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